ゾウリムシ、ワムシ、ミドリゾウリムシを肉眼で観察するには無理があります。また、顕微鏡で観察するには大きすぎて無理があります。ゾウリムシ、ワムシ、ミドリゾウリムシを観察するには１０倍から２０倍のルーペが適しています。上の写真のように、透明なガラスまたはプラスチックの容器に液ごと入れ、容器の角で、懐中電灯で横から光を照射して、ルーペから１ｃｍ以内の液を観察します。背景を黒くします。まず、ガラスまたはプラスチックの内面のゴミを見て、さらにほんの少しルーペと目を前方に進めると見えます。運動している様子も見えます。一般にゾウリムシ、ワムシ、ミドリゾウリムシは栄養状態がよいと運動が鈍ります。ミドリゾウリムシはクロレラを多く取り込むと運動が鈍り、ほとんど動かなくなることがあります。それでも生きています。
容器がペットボトルや試験管の場合、二番目の写真のように、日中に窓にかざして逆光でも観察できます。